第一部 聖火神教
　　故事從泰山上一間沒落的道觀「大雁觀」說起。觀中住著一群無所事事、遊手好閒的道士，其中有個八歲的小道僮，名叫明兒。明兒完全不記得自己的父母家鄉，甚至連自己的姓名也不知道。他被大雁觀收養時已有五歲，應該有些記憶，但他的過去卻是一片空白。唯一的線索是他不斷做著同樣的一個怪夢：夢中一位年           老卜者受火教所逼，不得不讓全家服毒自殺。老者飲鴆自盡之前，寫下了一段無人能懂的籤辭。籤辭的內容預言了火教的覆滅，也點出了消滅火教的關鍵：「異龍現，江湖變；靈劍泣，野火熄」。

　　第二部 虎嘯龍翔
　　許多年後，凌霄的醫術武功深得江湖中人敬重，被稱為「虎山醫俠」，在虎山建立虎嘯山莊，名聲愈響。某日，女扮男裝、特立獨行的少年燕龍忽然出現在虎嘯山莊，向醫俠凌霄請教劍術。凌霄深深佩服她的超絕劍法，發現她是女子後，又暗暗對她鍾情。不意凌霄的妹妹凌雲也對女扮男裝的燕龍傾心，但燕龍來去如               風, 在虎山小留數日後，便與浪子成達相偕下山，徒令凌霄兄妹思念不已。
　　凌霄發現妹妹凌雲私自下山追尋燕龍，卻被龍幫捉去，關在神祕詭異的「龍宮」，之後又得知凌雲已懷上身孕，疑為受龍幫首腦「龍頭」所辱。凌霄大怒，找上峨嵋金頂去，當時龍幫正率領幫眾大舉向正派挑戰，奪取峨嵋鎮山之寶「龍湲神劍」。凌霄因憤恨龍幫欺侮妹子，出手相助正教中人，與龍頭一決死戰，在盛怒           下重傷龍頭。

　　第三部 神劍之泣
　　凌燕同赴大漠尋找「靈劍」線索，欲破除段獨聖練成的「陰陽無上神功」，殺死段獨聖。
　　當二人趕回南昌，逐步發現寧王起兵反叛的密謀，以及段獨聖在這場叛變中扮演的關鍵角色。燕龍闖入寧王王宮，成功奪回龍湲劍，卻再度失手。之後寧王起兵，兵馬紛亂中，段獨聖趁機下手，將齊聚南昌、覬覦寶劍的武林人士一網打盡。燕龍在城中再次奪劍，又再次失劍。最後劍被陳近雲和他在黔中遇見的女子赤兒           聯手奪得，冒死送去給凌霄和燕龍。燕龍卻在這時猛然醒悟籤辭中「靈劍」並不是龍湲劍，而是另有所指，毅然闖上獨聖峰，單挑段獨聖。